在撤退中，黄巢靠沿途抛弃金银珠宝的法子甩掉了唐追兵，转向河南一带。
农民军虽然败出长安，元气犹存。但之前农民军困守长安一隅、没有根据地的弱势日益凸现出来。中和三年（883年）五月，黄巢为了农民军得到补给，派骁将孟楷攻打蔡州（今河南汝南）。孟楷即前面因嫉妒朱温扣下求援信的那位。当时唐朝廷任命的蔡州节度使为秦宗权。秦宗权出战失败，便干脆投降了黄巢。可见当时局势何等混乱，唐朝廷的威信完全扫地，大多数藩镇都是墙头草，只知道顺风而动，依附强势。
秦宗权投降黄巢后，与农民军将领孟楷联兵，一齐进攻陈州（今河南汝南）。唐陈州刺史时为赵犨。
赵犨，陈州宛丘人，世为忠武军牙将，积功为陈州刺史。赵犨非常有远见，他曾经预言如果黄巢不死在长安，必然东走，陈州则首当其冲。所以，他早做准备，招兵买马，储备粮草，构筑工事，培城疏堑，将陈州方圆六十里之内的百姓强行迁到城里。并让其弟赵昶、赵翊，儿子赵麓、赵林分别领兵，加强战备，守卫陈州。
农民军将领孟楷先移兵项城（今河南沈丘），准备攻取陈州。陈州刺史赵犨早有防备，先派出少数弱兵出战，向农民军示弱，然后乘孟楷不备之时，派精兵全力出击。孟楷猝不及防，所率的一万人马竟然全军覆没，孟楷本人也被俘杀死。
［还有一件事可以说明赵犨的眼光。后来朱温到陈州，赵犨兄弟亲自上前为朱温牵马，执礼甚恭。当时赵犨已经料到朱温将来必成大事，于是“降心屈迹，为自托之计”。不但主动攀附朱温，让自己的儿子赵岩娶朱温的女儿，还为朱温建立生祠，朝夕拜谒。不过很可惜，朱温还没有当上皇帝，赵犨就先病死了。］
孟楷是黄巢的爱将，也是农民军的重要首领。黄巢听说孟楷战死后，怒火中烧，立即集中所有的兵力，猛烈攻打陈州，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。陈州人十分害怕，赵犨极力激励军民，并“数引锐兵开门出击贼，破之”，以鼓舞士气。黄巢屡攻不克后，愈加愤怒，便在陈州外围筑垒围困。营垒修得如同宫殿一般，旁边还有百官衙门，号称“八仙营”，准备打持久战。
黄巢又下令储备粮草，而当时连年征战，烽火连天，百姓无法生产，民间乡里均已缺食短炊。黄巢军四下找不到粮食，便再一次以吃人为生的惨剧。农民军建巨型石磨，将掳掠到的百姓、战俘、以及战死的士兵的尸体，纷纷投入石磨之中，研磨妥当，再烹之为食，“日食数千人”。杀人做为军粮的地方则被称为“舂磨寨”。
陈州刺史赵犨此时已经抱了必死之心，一面坚守城池，一面派人突围，向太原的李克用、汴州（今河南开封）的朱温求援。
就在黄巢围攻陈州时，唐朝廷不断调动军队，以全面围剿农民军。七月，朱温被任命为宣武节度使，加东面招讨使。九月，命武宁节度使时溥为东面兵马都统。十二月，忠武镇周岌与时溥、朱温等皆率兵前来救援陈州。
中和四年（884年）正月，黄巢军仍是势力强大，周岌、时溥等诸路救兵被农民军打得落花流水，招架不住，不得不共同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率蕃、汉兵五万出天井关，自蒲州、陕州渡过黄河前来陈州。三月，朱温攻占大齐军瓦子寨，将领李唐宾、王虔裕投降。这时，李克用会合许、汴、徐、兖诸道军向大齐军全面发动攻势。四月，攻占农民军将领尚让屯军的太康（今河南太康），接着进攻西华（今河南西华），农民军将领黄思邺败走。
黄巢见军事失利，只得退到陈州北面的故阳里，但依旧保持对陈州的围困态势。
中和四年（884年）五月，突然连续下起大雨，平地水深三尺，河水暴涨，四处流溢，黄巢所筑的营垒被洪水冲垮。黄巢见大势已去，只好舍弃了围困三百天的陈州。
围打陈州是黄巢退出长安后最严重的失误。农民军不但丧失了先前“游击战”的灵活性，长期胶着在陈州附近，大小数百战，搞得农民军士卒疲惫不堪，而且迁延时日，给了唐朝廷调兵遣将、重新部署的机会。
黄巢撤兵后，李克用紧追不舍。黄巢在李克用的追击下，渡过汴水进攻汴州朱温。朱温向李克用求救，李克用在河南中牟北的王满渡，大败黄巢的主力部队，黄巢手下大将尚让率一万人投降了唐武宁节度使时溥，黄巢手下另外一些将领李谠、杨能、霍存、葛从周、张归霸、张归厚等人投降了朱温。至此，农民军主力伤亡殆尽。黄巢率残兵败将向东北逃去，李克用又追杀到封丘（今河南封丘）。这时又遇大雨，黄巢只收集散兵近千人，冒雨东奔兖州。
中和四年（884年）六月十五日，武宁节度使时溥派部将李师悦率兵万人，与降将尚让穷追不舍。追至瑕丘（今山东兖州），黄巢与唐军“殊死战，其众殆尽”，与其外甥林言走至泰山狼虎谷的襄王村（今山东莱芜西南）。此时，黄巢已经势穷力尽了。
关于黄巢的结局，史书记载不一：有史书说他不甘被俘受辱，自杀而死；有史书说他要求外甥林言将自己杀死；还有史书说他是被林言趁机杀死。推断起来，作者倾向于林言见大势已去，乘机杀了黄巢以求富贵。因为同时被杀死的还有黄巢的兄弟妻子，生死时刻，即便黄巢愿意求死，他的兄弟们也不会甘心就死。之后，林言持黄巢等人首级欲向武宁节度使时溥献功，在路上却遇到沙陀博野军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献给武宁节度使时溥。
黄巢的败亡（4）
［还有一种说法是黄巢并没有死，而是在洛阳当了和尚。五代陶谷《五代离乱记》中记载：“巢败后为僧，依张全义于洛阳，曾绘像题诗，人见像，识其为巢云。”加强这种说法的是《全唐诗》中收有黄巢的一首《自题像》诗：“记得当年草上飞，铁衣着尽着僧衣。天津桥上无人识，独倚栏干看落晖。”一副繁华落尽的苍凉。然而，唐诗人元稹有一首《智度师》在前：“三陷思明三突围，铁衣抛尽纳禅衣。天津桥上无人识，闲凭栏干望落晖。”显然，挂名黄巢的《自题像》诗是改篡元稹的诗。而士子文人多以黄巢为贼，未必情愿引黄巢诗自况，所以可知《自题像》诗非黄巢所作。黄巢当了和尚的说法也就不攻自破了。］
黄巢死后，他的侄子黄浩率领义军余部七千，转战江湖间，自号“浪荡军”。昭宗天复初，攻破浏阳（今湖南浏阳县），“欲据湖南”。湘阴（今湖南湘阴县西）土豪邓进思设伏山中，黄浩遭到狙击，被杀身死。
而前面曾经投降黄巢的秦宗权则上演了另一幕抢当皇帝的好戏。秦宗权，蔡州上蔡（今属河南）人，以残暴著名。黄巢死后，秦宗权也知道不可能重新回到唐朝廷的怀抱，干脆想代替黄巢，于是占据蔡州称帝，并分兵四出，所至之处焚杀掳掠。秦宗权部下从不携带军粮（也没有军粮可带），只用车辆载着盐，饥饿时就四处掳掠百姓小民，任意割肉烹食。史载“西至关内，东极青齐，南出江淮，北至卫滑，鱼烂鸟散，人烟断绝，荆榛蔽野”。当时只有汴州朱温和陈州赵犨（当时已经与朱温结亲）各守其州城，敢与秦宗权对抗。朱温乘间出击，屡败秦宗权。光启三年（887年），秦宗权攻汴州，朱温大败秦宗权，使其势稍衰。秦宗权暴虐不得人心，部下多是趋炎附势之徒，见秦宗权兵败，都弃城逃走。秦宗权后为部将郭璠执送朱温，被斩于长安独柳下。
像秦宗权这种朝秦暮楚、反复无常的叛变行为不仅在唐末乱世中比比皆是，在五代中也是不绝于史。乱世之中，什么正义和良心都抛诸脑后，兄弟相杀，朋友反目，成了乱世最黑暗的一面。
僖宗得知黄巢兵败身死的消息后，欢天喜地，在大玄楼搞了个盛大的受俘仪式。武宁节度使时溥除了献上黄巢的首级外，还有黄巢姬妾二三十人。僖宗见这些女子个个美艳，不由得怜香惜玉起来，问道：“你们都是勋贵子女，世受国恩，如何从贼？”跪在最前面的女子回答道：“狂贼凶逆，国家以百万之众，失守宗祧，播迁巴、蜀；今陛下以不能拒贼责一女子，置公卿将帅于何地乎！”（《资治通鉴卷·第二百五十六》）僖宗本有心开恩放过这些女子，听了这番义正词严的话，面红耳赤，不由得恼羞成怒，下令将这些女子全部斩首。
临刑时，行刑的小吏怜悯这些女子无力左右自己的命运，无辜被杀，便争相拿出药酒给她们喝，以减少死时的痛苦。女子们“且泣且饮”，喝完后都昏迷不醒，于昏睡中被杀死。唯独当面回击僖宗的女子不肯喝药酒，也不哭泣，被杀时神色肃然。
黄巢败后，唐王朝已经成为历史的黄昏，日薄西山，气息奄奄。之后，各路藩镇军阀混战，狼烟四起，民不聊生。举例来说，在最后追击黄巢中立下大功的武宁节度使时溥不久后就与朱温翻脸，二人开始争霸。因为双方连年交兵不断，致使徐州、泗州、濠州的百姓流离失所，无法从事耕作，加之洪水灾害不时发生，病饿而死的人有十分之六、七。时溥无力保障战争所需，被迫向朱温请求和解。朱温以其撤离所镇徐州为讲和条件。时溥答应后又担心上当被杀，依旧占据徐州与朱温相对峙。景福元年（892年）十一月，濠州、泗州刺史张璲、张谏叛时溥归附于朱温。景福二年（893年）二月，时溥在朱温的大军进逼下，向兖州节度使朱瑾求援。